За вывод денег система Интернет.Деньги взимает комиссию в размере 1% от выводимой суммы (но не менее 5 грн.). (За исключением счетов, обслуживающихся в пакете "Imoney-Professional"). Кроме того, комиссию взимает трансфер-агент – юридическое или физическое лицо (банк, почта или иной субъект хозяйственной деятельности), осуществляющее передачу денег от оператора системы клиенту и обратно. Комиссия трансфер-агента удерживается с выводимой суммы за вычетом комиссии системы.